说起测序，大家都不陌生！从转录组，到代谢组、蛋白组、甲基化、磷酸化，又或是单细胞、空间转录组、基因组、eccDNA。测序种类眼花缭乱，而单细胞测序是近几年最前沿和热门的技术之一，该技术开拓了生命科学领域在微观细胞和分子层面的高通量的研究，解决了传统技术无法甄别的细胞异质性或者无法实现高通量细胞同时研究的问题。单细胞测序技术可以揭示每个细胞独特的微妙变化，甚至可以揭示全新的细胞类型。尽管这五六年间，单细胞测序已经逐渐走下神坛，从大几万步入两三万一个样的阶段，但是相较于转录组，单细胞测序的费用还是让一些课题组望尘莫及。
此外，在实际 取样和确定分组的时候，部分测序公司销售由于缺乏课题整体把握性，只想着赶紧成单，带来了一些潜在隐患。下面，小编要给大家说上几点掏心窝子的话！
【一】样本数量多多益善：
收集一两个样本测单细胞，到底有没有价值？这个问题常有粉丝问。其实主要还是看投入产出比，如果花了几万块测序如果只能发三分多，那么选择公共数据库做分析其实性价比更高。
样本数量直接决定了是否有统计学意义。严谨一些审稿人，自然会对分析的准确性有一定要求，样本数少，准确度差，甚至没有湿实验验证，测序的优势也就荡然无存了！
【二】样本选取、采集和制备要严谨
单细胞测序的基本流程为：制备单细胞/细胞核悬液—单细胞平台标记转录本—逆转录生成cDNA—文库制备—测序—数据分析。在这个流程中，样本的采集和制备方案是最容易被忽略却也是至关重要的。这一步与后续细胞悬液的质量以及数据质量息息相关。质量较高的样本、规范的样本采集和准备方案，为后续的单细胞实验奠定了良好的开端。
小贴士：尽管现在已有技术可以用石蜡包埋切片制备单细胞悬液，但是经过石蜡包埋之后，细胞和新鲜样本相差甚大，组织抗原暴露有所影响，所以FFPE样本做单细胞测序仍需谨慎。
【三】分组设计很重要，二次分析更关键
如果你好不容易下决心用一大笔经费测序，千万不要只在数量和测序类型上做对了选择，而忽略 分组实验设计这个决定文章科学问题的重头戏。分组分的差，不仅浪费钱做一些无用组别，也会极大削弱选题的创新性！一篇文章就犹如一个故事，故事根据是否有吸引性可读性所以有好坏之分，而生信类文章的故事好坏则取决于 产生数据的实验设计方案：包含 样本分组（决定了文章所能解决的科学问题是什么）； 取样部位（决定了分析结果的可信度及临床应用价值）； 技术手段（决定了可以从什么维度对所关注的科学问题进行阐释）。另外，尽管二次分析会产生一定费用，但是大多数测序公司的生信数据处理采用流程化的云平台，足够方便但不够个性！分析内容模块的多样化，参数调整的灵活化、联合数据库的丰富化，配色的定制化，你能想到的，测序公司的分析都没有！（事实就是这么无情和残酷~）有投稿经验的朋友都知道，一篇文章修回需要修图或补分析是再常见不过的了，所以通过上机测序获取数据只是第一步，做好个性化的分析，才能向好文章迈向更近一步！
接下来展示一波正确的打开方式！
某一研究方向生信类文章的第一个吃螃蟹的人，必然离不开自己重金测序数据的支持，有了数据再加上个性化生信分析的加持，好文章也就到手了！无图无真相，接下来我们以案列的形式来瞅瞅自测如何助力吃到大螃蟹的~~
案列一
研究背景：对移植瘤的临床前研究表明免疫治疗具有高治愈率，然后大量的临床试验表明免疫疗法不能治愈大多数患者，即大多数临床前免疫治疗研究利用的是移植肿瘤模型，这高估了患者的反应。
自测数据神助攻：通过对免疫治疗前后的小鼠移植瘤和原发肿瘤样本进行单细胞测序，基于对所得到的测序数据进行分析，探究了移植瘤和原发肿瘤在免疫环境上的显著差异。最终发现小鼠移植瘤而非原发肿瘤中CD8+ T细胞和PD-L1+巨噬细胞的激活，而这些细胞存在于对PD-1免疫检查点治疗有响应的人类肉瘤。这些结果表明，具有类似移植肿瘤免疫表型的肉瘤患者可能最受益于PD-1免疫治疗。
编者按：
对于肿瘤类生信文章，目前比较热门的研究方向之一是基于单细胞测序技术探究肿瘤免疫治疗响应的机制（ 值得被关注的科学问题加新兴的技术手段再加上数据分析出的有理有据的结论，有什么道理不是好文章好故事呢？）。
案例二
研究背景：在超急性期诊断脊髓损伤(SCI)的严重程度对于患者的急诊临床护理是非常重要的。脊髓损伤的诊断性生物标志物的缺乏是导致临床结果不佳的主要原因。
自测数据神助攻：对脊髓损伤组/健康对照组/非中枢神经系统损伤的创伤对照组的外周血样本进行了转录组测序。基于差异分析筛选了仅在脊髓损伤组中有差异的基因作为脊髓损伤相关基因，进一步基于基因表达与脊髓损伤严重程度间的变化趋势，筛选了与脊髓损伤严重程度相关的基因，并分别进行LASSO预测模型构建，进而得到了针对不同脊髓损失风险程度的最优预测组合。
编者按：
对于非肿瘤类生信文章，目前比较热门的研究方向之一是基于血液标志物对疾病的发生发展等进行诊断（ 将生信分析的落脚点放在临床问题的解决上，怎能不受审稿人青睐呢？）。
编者按
不管是基于单细胞测序技术探究肿瘤免疫治疗响应的机制，还是基于血液标志物对疾病的发生发展等进行诊断，不难发现，想成为某一研究方向生信类文章的第一个吃螃蟹的人，都要有重金测序数据的支持，以及正确打开螃蟹的方式：新颖准确的测序设计方案！
说了这么多，小编要来给大家送一波单细胞测序福利！
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（备注：单细胞测序）
参考文献
来源：教育的游戏
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