如何通过测序法检测单核苷酸多态性（SNP）

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性，包括碱基的颠换、转换、插入和缺失。它是人类可遗传变异中最常见的一种，占所有已知多态性的90%以上。SNP被广泛应用于分子遗传学、药物筛查和治疗等众多领域。

今天以“rs1109”为例介绍如何通过一代测序的方式检测单核苷酸多态性（SNP）：

1. 获取核酸序列，设计扩增引物：
2. a.打开网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

1. b.搜索框内输入需要查找的RS号，并点击“search”，结果如下:

注：

该页面包含了详细单核苷酸多态性信息，如基因组位置、基因信息、突变方式等，可根据需要详细读取。

c.点击右上方的RS号，跳转致如下页面：

d.点击由上方“Switch to classic site”，跳转到如下页面，并下拉到Fasta sequence (Legend)，则可直接获取到核酸序列：

2.上图中，红圈中的碱基即为SNP位点，在该位点两侧设计引物进行PCR扩增金一代测序即可。

注：一代测序的结果，起点与终点100bp内信号比较容易受干扰，所以引物尽量设计在两侧各100bp之外。

3.PCR扩增，切目的条带进行一代测序

4.测序结果，与SNP序列进行比对，确定“SNP”位点准确的碱基信息。

来源：如期生物